Období Tokugawa
Ještě v roce 1603 nechal Ieasu Tokugawa přesunout sídlo do Edo (dnešní Tokio). Ještě v tomtéž roce však v nechal Kjótu postavil hrad Nidžó, aby císaři ukázal svou moc. Již o dva roky později se však titulu šóguna vzdal ve prospěch svého syna, címž založil dynastický precedenc, podle kterého měl být úřad předáván potomkům rodu Tokugawa. Administrativa země fungovala prostřednictvím dajmjó, kterým však Tokugawa nedal tolik prostoru, jako jeho předchůdci. Zadržoval ve svém sídle jejich rodiny jako jakési "rukojmí" a nařídil dajmjó, aby svá sídla sídla každé roky střídali mezi Edem a jejich vlastním sídlem. Nutnost udržovat dvě sídla a potřebat starat se o rodiny na dvoře v době nepřítomnosti a zajištování vlastního panství v době pobytu v Edu dajmjó nesmírně vyčerpávala a snižovala tak jejich moc.
Stejně tak si šógunát vyhradil právo podle libosti dajmjó sesazovat, přesunovat na jiná území nebo částěčně či úplně zabavovat jejich panství. Dá se říci že daimjóům byla šógunátem pouze svěřena vláda nad pozemky a obyvateli daných panství. Touto politikou zbavení práv a přesídlování šógunát povyšoval dlouhodobě loajální tokugawské vazaly na statut daimjóů. Šógunát umísťoval tyto dědičné fudai daimjó do Eda a do oblastí, které byly z vojenského a ekonomického hlediska klíčové. Současně omezil šógunát počet tozama daimjó, kteří kapitulovali v bitvě u Sekigahary. Byli přesídleni do okrajových oblastí a od spojenců byli odděleni šikovným umístěním fudai daimjó na sousedních panství. Výsledkem těchto změn byla výrazně stabilní mocenská struktura, tzv. systém bakuhan.
Zatímco někteří šógunové určovali politiku, nebo její základní rysy, samotné šógunátní úřady byly řízeny těmi daimjóy, kterým Tokugawové nejvíce věřili, takzvanými fudai daimjó, a členy družiny z rodu Tokugawa. Mezi nejdůležitější pilíře šógunátní politiky patřila politika nakloněná císařskému dvoru a náboženskému řádu. Ovšem historickou skutečností bylo, že šógun byl vládcem říše a císař pouhým kulturním symbolem a jednotlivým náboženským sektám vydával šógunát nařízení, kterými měl nad chrámy kontrolu.
První zákaz křesťanství byl vydán Hidejošim v roce 1587, ale byl jen formální a počet obrácených na víru neustále rostl. V roce 1611 však šógunát opět křesťanství zakázal a pronásledoval katolictví v Japonsku, což vedlo k mnoha mučednickým obětem. Pro zákaz byla celá řada důvodů, mezi něž patřilo například neuznávání šógunátu jako absolutní autority, že zájem o křesťanství mohl sloužit jako spojenectví s nepřátelskými daimjóy a svou roli hrála i představa možného ekonomického zásahu evropských mocností. Katolictví bylo postaveno mimo zákon, byl omezen zahraniční obchod, byly zakázány japonské námořní cesty a konečně v roce 1639 byla zavedena skutečná izolace ve vztahu k Západu.
Jěště předtím však roku 1615 Ieasu Tokugawa dobyl zámek v Ósace, kde v ohni uhořel Hidejori Tojotomi, čímž byl jakýkoli vliv rodu Tojotomi definitivně potlačen. O rak později pak zemřel i sám Ieasu a se vlády ujal jeho syn Hidetada, po němž se pak v průběhu 234 let vystřídalo dalších třináct generací dinastie Tokugawa.
Přestože byl tokugawský šógunát mocnou institucí, nebyl imunní vůči změnám. Prvním hlavním problémem byla rostoucí nespokojenost samurajů bez pána (rónin), kteří byli vyhnáni z domácího prostředí, když byli jejich pánové zbaveni práv. Po odhalení spiknutí Šósecua Juiho (1605 – 1651) a dalších róninů začal na jejich problémy šógunát účinněji reagovat a uplatňoval pružnější politiku.
Důraz Tokugawů na stabilitu dynastie otevřel prostor svobodnému obchodu a obchodu se zámořím. Následníci Ijeasu Tokugawy se v zájmu stability a vymýcení křesťanství nejprve pokoušeli oddělit obchod od křesťanství a poté nastálo zakázali obchod a styky se Západem. Kolem roku 1640 se Japonsko začalo obchodně uzavírat. Zámořské výpravy byly zakázány, portugalská a španělská plavidla vyhnána. Po zbytek období Tokugawa byli pouze Nizozemci ponecháni na malém ostrůvku Dedžima v Nagasackém zálivu, jakožto zástupci evropského obchodního společenství. Japonsko také obchodovalo s Čínou a Koreou, ale tento obchod byl omezen pouze na Cušimu a Nagasaki, kde byla soustředěna rozsáhlá komunita čínských obchodníků. Kromě těchto kontaktů vycházel veškerý ekonomický růst pouze z domácích zdrojů.
Tokugawský režim byl instinktivně zemědělský. Důležití byli samurajové a rolníci, kteří je živili, nikoliv obchodníci. Tokugawští šógunové rozdělili japonskou společnost do čtyř dědičných sociálních skupin: samurajů, rolníků, řemeslníků a obchodníků, pod nimiž se nacházeli eta (vyděděnci) a hinin (nelidé). Na sňatky mezi jednotlivými skupinami se hledělo s nelibostí. Tvorba takto tvrdě hierarchizované společnosti nepřispívala k mobilitě a obchodní a tržní svobodě, přesto byl viditelný růst městského a venkovského hospodářství, který byl podnícen dlouhodobým mírem, vzrůstající městskou poptávkou a rostoucím počtem obyvatel.
Přestože byli rolníci řazeni hned za samuraje, chtěli daimjóové a šógunát přirozeně získat na daních co nejvíce. Někteří daimjóové a šógunátní úředníci vymáhali příliš velké částky, a tak doháněli rolníky k protestům nebo útěkům z panství. Někteří úspěšní vesničané investovali své peníze do zemědělského obchodu a průmyslu, zapojovali se do půjčování peněz. Díky šířícím se ekonomickým rozdílům se ve vesnicích šířilo napětí. Velké venkovské protesty v době hladomoru dosáhly 25–ti do roka. Povstání byla často vedena stařešinou vesnice a byla namířena proti úředníkům panství a šógunátním výběrčím daní. Jelikož rolníci nebyli ozbrojeni, byla jejich povstání rychle potlačena. Některým požadavkům bylo vyhověno, ale vůdci povstání byli popraveni. Rolnická povstání byla protestním hnutím za ekonomická zlepšení, nikoli revolucí, která by popírala tokugawské sociální uspořádání.
Samurajové se nacházeli na nejvyšším stupínku tokugawské společnosti. Stejně jako vládci a úředníci žili z práce druhých. Přestože byli pány společnosti, jejich ekonomické postavení bylo méně záviděníhodné. Byli odděleni od půdy, žili jako vazalové z přidělených dávek v posádkových městech. Byli zbaveni příležitosti zemědělské činnosti. Na druhé straně jim bylo zakázáno zabývat se obchodem, na který se pohlíželo jako na činnost podvracející správný životní styl vojáka a stabilní sociální hierarchii, jelikož některým by se dařilo a jiným ne. Od samurajů se očekávalo, že budou žít ze svých přídělů, nebudou potřebovat více peněz – spíše jimi budou pohrdat. Vše, co jejich domácnosti potřebovaly, si měly sami vyrobit nebo vyměnit za rýži. Ze samurajů se stávali úředníci a funkcionáři, věnovali se více literárnímu umění, než umění válčit.
V roce 1657 došla k tragickému vyhoření Eda, ale rozmach tokugawského Japonska to nezastavilo. V této době dochází k vzestupu velkých kupeckých rodin, například Micium která dodnes vlastní v Japonsku banky či obchodní domy. Známá je také kultura té doby, vzniká divadlo kabuki, basně Haiku, či loutkové divadlo bunraku.
Od roku 1700 začal šógunátní rozpočet vykazovat schodek. Přibližně po celé další století se šógunát v reformách snažil bez většího úspěchu zbavit nepřetržité krize státní pokladny vynucenými půjčkami a devalvací měny. V roce 1640 zmirňuje šógun Jošimune Tokugawa izolační opatření, je povolen dovoz holandských vědeckých knih a studium holanštiny. Dokonce i šógunát se stal těžce závislým na finančních službách obchodníků, jejich půjčkách a zásobách. Různé reformy šógunátu byly namířeny na zmírnění situace zbídačených samurajů, ale jen výjimečně se dotkly jádra problému.
Mezi lety 1732 - 1733 je Japonsko postihnuto hladomorem, což vyvolá tzv. rýžové vzpoury. Od té doby prakticky až do konce období se šógunát zmítá v těžké ekonomické i politické krizi. V roce 1853 přistává u japonský břehů americká námořní flotila admirála Matthewa C. Perryho a šógunát je nucen ukončit izolaci a přistoupit na navýhodné smlouvy s USA a Velkou Británií. Od roku 1862 dochází v Japosnku k vážnějším rebeliím mezi obyvatelstvem i samuraji, něterá panství, kterým se chytrou politikou podařilo v závěru období Tokugawa dosáhnout určité moci, například Sacuma a Čóšú, se přidávají na stranu císaře a podporují jej proti šógunátu v boji za znovuobnovení císařství.
I v této pochmurné době vzniká v Japonsku řada uměleckých děl světového formátu, například slavné dřevořezby Hokusaie (36 pohledů na Fudži) a Hirošigeho (53 zastávek na Tókaidó). Stejně tak se rozvíjí i vzdělanost japonských myslitelů. V roce 1858 zakládá spisovatel a politik Jukiči Fukuzawa v Edu první vysokou školu Keió gidžuku daigaku, která je i dnes jednou z nejvýznamnějších japonských soukromých univerzit, o dva roky později se pak skupina japonský politiků vypravuje na studijní cestu do USA.
Přestože šógunát dělá vše pro to, aby znovu uchopil moc do svých rukou, jeho pád se postupem času zdá čím dál víc nevyhnutelný.